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针对学院如同乱麻的现状，杨玄决定从兵科开始，一步一步的进行改革。所以，这一天，兵科一如往昔的沸反盈天时，杨玄怀带着教案推门而入。杨玄在军队里还是有绝对权威的，高强度的军事训练将服从上级的观念深深植入每个士兵的骨髓。所以当看到杨玄冷着脸，面色不善的走进兵科讲室，那些桀骜不驯的士兵顿时收住所有言行，迅速跪坐回自己的席位上不敢稍动。前辈们的忽然异常也吓到了兴奋的孩子们，感受到空气中冷峻的氛围，孩子们也连忙从桌案上跳了下来。
祁进大喊一声：“行礼！”
顿时屋内的所有士兵整齐的站了起来，右手握拳置于左胸之前，向杨玄行了一个标准的军礼，动作没有丝毫分差。前辈们的这一手顿时让后面留着鼻涕的少年们看呆了，平时只见到各位前辈桀骜的如同狮子，各行其是的夸耀自己，却没想到也能做到如此齐整如铁的一面。
杨玄站在众多什长、伍长之前，冷着脸说道：“坐！”
所有士兵整齐的如同一个整体，瞬间以相同之姿跪坐于席。杨玄这才脸色稍霁，说道：“兵科自即日起由我亲自担任教习！今天第一课，先讲如何制图。图就是舆图，精确的舆图可以帮助你们清晰的了解自己身处何处，敌人所在何方。何处可以设伏，何处需小心敌军。又应当在何处扎营，何处决战！不要以为这些都是上级将领的事，早晚有一日你们也会成为将领。”
在课上杨玄教士兵如何制图、如何择地安营扎寨，什么时候该列阵防守，又什么时候应该派出骑兵迂回敌阵。课下杨玄也认同祁进的教学理念，积极鼓励手下士兵总结作战经验，互相传授技巧。
当杨玄认为手下兵科终于走上正轨时，时间已是熹平六年，杨玄甚至没时间去关注这一年，天下究竟发生了什么大事，又开始去工科讲习。
在兵科的时候，杨玄可以一言堂，但到了工科，杨玄的改革却遭到了莫大的阻力。工匠们只认同自己的过往的经验，对杨玄所说的标准化作业，流水线生产，完全不屑一顾。于是杨玄不得不将工科教学内容更改为基础教育，不论是制甲的工匠、还是冶铁的铁匠，所有人停止手下所有任务，到工科学习标准化生产。
杨玄让手下工匠精确寸、尺、丈的长度，然后又研究了许久，才制成了一个合格的标尺。有了合格的标尺，标准化生产方才有了起步。最后关于流水线生产，杨玄不得不采用蛮力手段，硬性推行，工匠初始心中还有所抵触，直到发现流水线生产所带来的生产力巨大提升后，一众工匠才彻底拥护了杨玄的理念，毕竟可以用更少地力气制作出更多的东西，自己也能赚更多钱养家啊。
在工科的时候，杨玄还有一定的发言权，等到了农科，杨玄就彻彻底底的被教育了，杨玄对后世农业的了解就只有大规模机械化生产，除此之外就什么都不懂了。所以在农科，杨玄就只能听着诸位老者不断向自己灌输着何时锄草，何时种苗。听了半天，杨玄就忍受不住逃出农科，只是吩咐尺秩农科该给的经费一分也不要少，让他们折腾去吧。科研成就，总少不了经费投入与失败挫折，他们研究成功了固然好，农业产量大增，农民生活更加富足。即便失败了，也告诉后来研究者此路不通，让大家不用再走弯路，这样持之以恒的研究下去，早晚会有一个人研究出正确的方法增加农业产量。
等杨玄来到医科时，杨玄发现古代中医其实已经有了自己的医治理论，即便在后世中医在天朝医学界也占有一席之地，所以杨玄并不打算用西医那一套来取代中医，更何况自己对医学也一无所知。只是对医科加大投入，尤其鼓励医科对瘟疫的研究治疗和战场伤患的治伤救亡等两方面。
同时杨玄硬性规定手下医科自上而下不准再使用生水，无论是日常饮用，还是救治伤患，都必须用烧烫以后的热水，包扎伤患的纱布必须用热水烫过以后方才可以使用。虽然一众医师不甚了解，但谁让杨玄拳头最大呢，只得听令执行。
忙完这些，杨玄才喘了口气，感叹的想着，谁说独裁专治就代表落伍的？有时候历史的进步就是那几个独裁者所推动的，没有希特勒的独裁推动，哪来的原子弹研究基础？又哪来的世界核恐怖平衡下的近百年的和平？好吧，这貌似不是一件好事，不想他。
不过想起原子弹，杨玄觉得自己确实应该重视一下科学基础教育，科学的基础是什么？没错就是数学！杨玄想着反正自己手下也没有能当官的，干脆就把治科改成了数科，又强制要求，无论是哪一科的学员必须先学习数科理论。
至于数科教习，杨玄又亲自担任了，于是杨玄发现建立了学院以后自己就成了最忙的一个人。但是为了将来的悠闲生活，杨玄忍了！人才的成长靠教育，忽视什么也不能忽视教育。
杨玄心里明白，自己穿越来到汉末，如果庸庸碌碌怎么对的起自己重生一次，既然有心称雄一次，自己个人素质方面不一定比得上雄才大略的曹操和隐忍坚毅的刘备，想要跟这些人争雄天下，自己最大的优势除了了解历史就是比这个时代先进两千年的政治理念。
曹操能够制霸天下，很大的原因在于唯才是举的政策。杨玄就要更进一步，把自己手下都培养成人才。虽然前期投入巨大，而且即便投入了巨量的人力物力，大部分人培育出的结果也只是众人之姿，但只要能持之以恒，这些受过教育的人才所爆发的生产力就不是其他势力那些大字不识斗一的农民所能媲美。再万一培育出一个荀彧、诸葛亮一样的顶级战略家那花再多的财力也是值得的。